やがて先住民族と白人の対立は避けられなくなります。入植の初期には、先住民族とヨーロッパ人が協力することもありました。例えば、プリマス植民地の入植者をスクワント族(Squanto)が援助したり、ヴァジニア州のジョン・ロルフ(John Rolfe)がパウハタン族(Powhatan)の娘ポカホンタス(Pocahontas)と半公式結婚をしたようにです。アメリカ先住民は、新しい環境で生き残るための技術を入植者に教え、入植者からは金属製の道具、ヨーロッパの布地、そして特に銃器を紹介されそれらをすぐに採用していきます。

　先住民族は、ヨーロッパ人の２つの利点である共通の書き言葉の所有や近代的な交換システムに対応すること慣れていなかったので、植民地の役人による先住民族からの土地の購入は、しばしば狡猾な土地の収奪になりがちでした。アメリカ先住民族と公平に接するよう特に努力したウィリアム・ペン(William Penn)とロジャー・ウィリアムス(Roger Williams)は、稀で例外的人物でした。

　先住民の関与が植民地主義者に与えた影響は、特にカナダをめぐるイギリスとフランス間の争いで顕著でした。フランスは毛皮を五大湖周辺に定住するヒューロン族(Huron)に依存していましたが、ニューヨーク西部とオンタリオ南部に拠点を置くイロコイ族(Iroquois)連合はヒューロン族(Huron)を制圧し、サスケハノック族(Susquehannocks)やデラウェア族(Delaware)といったヒューロン族の同盟者をペンシルベニア州へと追いやることに成功しします。この行為により、毛皮貿易の一部がフランスのモントリオール(Montreal)とケベック市(Quebec)からイギリスのオルバニー(Albany)とニューヨークに流失し、イギリスはイロコイに借りを作ることになります。

　ヨーロッパと先住民族の同盟は、ルイジアナ(Lousiana)でフランスの影響を受けたチョクトー族(Choctaws)が、フロリダでスペインの支援を受けたアパラチア族(Apalachees)とジョージアでイギリスの支援を受けたチェロキー族(Cherokees)と戦う方法にも影響を及ぼします。

　フランス・インディアン戦争(French and Indian War)は、植民地の人々の軍事的経験と自己の存在の自覚を強化しただけではあるません。先住民族であるレッド・ジャケット(Red Jacket)やジョセフ・ブラント(Joseph Brant)など、２、３カ国語を操り、先住民族とヨーロッパの競争相手との間で交渉できる指導者を輩出することになります。しかし、クライマックスとなるイギリスとフランス間の闘争は、先住民族にとって災いの始まりでありました。

　イギリスが着実に軍事的成功を収め、カナダからフランスを追放すると、先住民族はもはや、ロンドンとパリのどちらの王を支持しても、西方への入植を抑制するという外交カードを使うことができなくなります。このことを知った先住民族の中には、これ以上の侵攻に対して団結して抵抗しようと考える者も出てきます。1763年、オタワの酋長ポンティアック(Pontiac)が起こした反乱(Pontiac Rebellion)がその例です。後にヨーロッパ、そしてアメリカの権力に対して先住民族が協力して挑戦したように、この反乱だけでは終わりませんでした。

　ポンティアックの反乱は、フランス・インディアン戦争に続く五大湖地域でのイギリスの支配に不満を持った先住民族の緩い連合によって、1763年に開始されました。多くの先住民族がイギリスの兵士と入植者をこの地域から追い出すために参加しました。