アメリカ合衆国の第３代大統領、トマス・ジェファソン(Thomas Jefferson) は、「アメリカ独立宣言」の起草者の一人としても知られています。大統領就任にあたり、ジェファソンは次のような和解を求める演説をします。すなわち「我々はすべて共和主義者であり、我々はすべて連邦主義者です。」彼には恒久的な二大政党制の計画はありませんでした。彼はまた、小さな政府と憲法の厳格な施行に対する強いコミットメントを表明します。これらのすべてのコミットメントは、戦争、外交、および政治的不測の事態の緊急事態によってすぐに試練に立たされることになります。

アメリカ大陸では、ジェファソンは拡大の方針をとります。彼は、ナポレオン1世(Napoleon I )がルイジアナ準州を売りに出し、アメリカでのフランスの野心を放棄することを決定したことの機会をとらえます。スペインは、領土をフランスに譲渡していました。この特別な買収であるルイジアナ買収は、１エーカーあたり数セントの価格で購入され、アメリカの面積を２倍以上に増やすことになります。ジェファソンには、そのような行政権の行使においては、憲法上の制裁はありませんでした。彼は、この領土拡大に関する憲法の幅広い建設的な見解をとりながら、関連する規則を作っていきます。

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ジェファソンはまた、スペインからフロリダを獲得する機会を求め、科学的および政治的な理由から、メリウェザー・ルイス(Meriwether Lewis)とウィリアム・クラーク(William Clark)を大陸全体の探検隊として派遣しました。この領土拡大には問題がなかったわけではありません。ニューイングランド連邦主義者によって策定された北軍の計画を含む、さまざまな分離主義運動が頻繁に発生します。 1800年にジェファソンによって副大統領に指名されたアーロン・バー(Aaron Burr)はいくつかの西部開拓での謀議を主導しました。バーは1804年に辞して反逆罪に問われますが、1807年に無罪となりました。

最高行政責任者として、ジェファソンは司法のメンバーと衝突しました。その多くはアダムズによる任命者でした。彼の主な反対者の１人は、アダムズが任命したジョン・マーシャル(John Marshall) 裁判長であり、特にマーベリー対マディソン(Case of Marbury v. Madison)（1803）において、最高裁判所は議会の立法について、違憲審査を最初に行使します。この司法審査の権限は有名となります。

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ジェファソンの二期目の任期が始まる頃、ヨーロッパはナポレオン戦争(Napoleonic Wars)に巻き込まれました。アメリカは中立を維持しますが、イギリスとフランスの両方がさまざまな命令を課し、ヨーロッパとのアメリカの貿易を厳しく制限し、新しい規則に違反したとしてアメリカの船舶を没収します。イギリスはまた、アメリカ市民が時々巻き込まれるような事件を起こします。ジェファソンはイギリスとの条約条件に同意できず、アメリカの輸出を全面的に禁輸するイギリスとフランスの両方に「中立的権利」の侵害をやめさせようとします。そして通商禁止法が1807年に議会が制定されます。ニューイングランドでは、禁輸措置が、ニューイングランドの富を破壊するための南部の計画であると指摘します。マディソンが大統領に選出された直後の1809年に、この通商禁止法は廃止されます。