フィリピン政府は北へ向かって逃走していきます。1899年11月、フィリピン人はゲリラ戦に打って出ますが、その結果、壊滅的な打撃を受けることになりました。反乱の主要な作戦はルソン島で行われましたが、その際、アメリカ軍は先住民のマカベベ(Macabebe)偵察兵の多大な援助を受けます。彼らは、以前スペイン政権に仕えていましたが、その後アメリカに忠誠心を移します。組織的な反乱は、1901年3月23日、フレデリック・ファンストン(Frederick Funston)アメリカ軍大将によるアギナルド(Emilio Aguinaldo)の捕獲で事実上終結します。ファンストンは、捕虜となった使者からアギナルドの秘密司令部の場所を知ると、自らルソン島北部の山岳地帯に大胆な作戦を展開します。一握りの将校とともに捕虜のふりをし反乱軍に変装したマカベベ斥候の隊列の護衛のもとで行軍します。援軍を待っていたアギナルドが先頭部隊を迎えると、降伏を要求されて唖然とさせられるのです。ファンストン到着後、アギナルドが「これは冗談ではないのか」叫ぶのですが、マニラへ連行されていきます。

Mariano Ponce

アギナルドがアメリカに忠誠を誓い、敵対行為の終結を求めますが、ゲリラ活動は衰えることなく続けられます。アメリカ兵士への虐殺に怒ったジェイコブ・スミス(Jacob F. Smith)准将は、無差別の残虐行為で報復し、軍法会議にかけられ退役を余儀なくされます。1902年4月16日、フィリピンのミゲル・マルバール(Miguel Malvar)将軍がサマール(Samar)島で降伏した後、アメリカ市民政府は残ったゲリラを単なる盗賊とみなしますが、戦闘は継続されました。シメオン・オラ(Simeón Ola)率いる約千人のゲリラは1903年後半まで敗北せず、マニラ南方のバタンガス州(Batangas)ではマカリオ・サカイ (Macario Sakay)が指揮する部隊が1906年後半まで捕虜になるまで抵抗します。

宮崎滔天

アメリカ軍に対する最後の組織的抵抗は、1904年から1906年にかけてサマール島で行われました。そこでは、平和になった村々を焼き払うという反乱軍の戦術が、彼ら自身の敗北につながりました。ミンダナオ島(Mindanao)のモロ族(Moro)の反乱は1913年まで散発的に続きますが、アメリカはフィリピンを明らかに支配し、1946年まで島々の領有を維持することになります。

アメリカとの戦争に突入したフィリピン共和国政府のアギナルドは、武器の支援を日本に期待します。1899年６月、革命派のマリアーノ・ポンセ(Mariano Ponce)らの代表団を日本に送り、日本政府から武器・弾薬の調達を受けるべく工作を行います。