次の4年間、北軍(the Union)と南軍(the Confederacy)は対立に陥りました。エイブラハム・リンカン(Abraham Lincoln)とジェファーソン・デイビス(Jefferson Davis)の政府が追求した政策は、驚くほど似ていました。両方の大統領は当初、軍隊の運営を志願兵に頼っていました。両政府は、戦争の初期段階で有色人種に群がった若者の大群を武装させ、装備させる準備が不十分でありました。戦闘が進むにつれ、両政府はしぶしぶ徴兵に訴えていきます。最初は南軍が1862年初めに、北軍はその後、1862 年後半にあまり効果のない対応をし、続いて 1863 年により厳しい法律を制定していきます。価格、賃金、または利益をあまり規制しないような経済問題における公正な政策を打ち出すのです。
北軍と南軍が厳格な規制の対象としたのは鉄道だけでした。南軍は、独自の粉工場を建設する際に、「社会主義」(state socialism)についていくつか試みました。リンカン政権もデイヴィス政権も、戦争の資金調達に対処する方法を知りませんでした。どちらも紛争の終盤まで効果的な課税制度を発展させず、借金に大きく依存していました。資金不足に直面した両政府は、印刷機に目を向け、不換紙幣(irredeemable)を発行することを余儀なくされました。北軍は4億3,200 万ドルを「グリーンバック」と呼ばれる 償還不能で無利子の紙幣で発行し、南軍も同様な紙幣で 1,554,000,000 ドル以上を印刷しました。その結果、双方で暴走したインフレが発生しました。これは、戦争の終わりまで続き、小麦粉が 1バレル1,000ドルで販売されるなど、南部で劇的なインフレが続きました。
戦争の根本原因である奴隷制度についても、両政府の政策は驚くほど似通っていました。南軍の憲法は、他のほとんどの点で北軍の憲法と似ており、奴隷制度を明確に保証していました。奴隷制度廃止論者からの圧力にもかかわらず、リンカン政権は当初、合衆国に残っていた 4 つの奴隷州であるデラウェア州、メリーランド州、ケンタッキー州、ミズーリ州で、奴隷解放に向けた動きが忠誠心を乱すのではないかという理由で、奴隷制の現状を黙認しました。