ウィスキー課税への反対とジェイ条約への批判に苦しむワシントンは、3期目の大統領に立候補しないことを決断します。ハミルトンが起草した大統領離任の挨拶で、彼は新党の政治を分裂的で危険であると非難します。しかし、政党はまだ国家の目的を十分に鼓舞することができずにいました、連邦主義者のジョン・アダムズ(John Adams)が第２代の大統領に選出されたとき、大統領候補として2番目に多くの票を獲得した民主=共和党のジェファソン(Jefferson)が副大統領になりました。ヨーロッパと公海での戦争、そして国内での激しい対立は、新政権を苦しめることになりました。

John Adams

イギリスがアメリカの海軍を保護するという立場から、フランスとの仮想的な海軍戦争が続きます。1798年に外交的な解決交渉にあたるアメリカの委員に対してフランス側は賄賂を求める事件が発覚します。これはXYZ事件(XYZ Affair)と呼ばれました。これによってアメリカでは反フランスという国民感情が高まります。その年の後半、議会の連邦主義者の過半数が外国人・扇動法(Alien and Sedition Acts)を可決します。これは、親フランス活動の疑いのある外国人に厳しい民事制約を課し、政府を批判したアメリカ市民に罰則を科し、憲法修正第1条で謳う報道の自由の保証を破棄する内容でした。

この法律によって、共和党支持の編集者が頻繁に起訴され、その一部の者は服役することなります。これらの措置は、次に、マディソンとジェファソンによってそれぞれ起草されたヴァジニア州とケンタッキー州の決議を呼び起こします。連邦権力にとり耐え難いような反対に対して、政府は国家主権を行使するのです。この時期、アメリカは、フランスとの戦争が差し迫っているような状況にありましたが、アダムズは正式な宣戦布告を行わないことを決意し、やがてその方針が功を奏します。

Abigail Adams

予想される戦費を賄うために課されていた税は、ジェイコブ・フライズ(Jacob Fries)が率いるペンシルベニアでの新しい少数組織の反乱などで、多くの不満が持ち上がりました。フライズの反乱は難なく鎮圧されますが、市民の間に横たわる自由から課税に至る広範な意見の不一致がアメリカの政治を二極化させていきます。政治的アイデンティティの基本的な思想は、連邦主義者と共和党員に分かれ、1800年の選挙で、ジェファソンは彼の旧友であり同僚のアダムズに挑戦し、反連邦主義者の反対の立場からの幅広い情報源を利用しました。その結果は、政党間の大統領職をめぐる最初の争いとなり、アメリカの近代史において総選挙の結果によって最初の政権交代が生まれました。